Uma das principais mudanças na gestão e nas atribuições das agências reguladoras, prevista no projeto de lei que será votado pela Câmara, está na criação de um controle externo sobre os órgãos reguladores. A tarefa de fiscalização, de acordo com o projeto, será exercida pelo Congresso Nacional. Com isso, a prestação de contas das agências será analisada pelo Tribunal de Contas da União (TCU).

Outra inovação, do ponto de vista de controle, está na instituição de uma ouvidoria independente e dos chamados contratos de gestão, que serão firmados entre os órgãos reguladores e o governo. Neles serão definidos metas, estimativas orçamentárias e cronogramas de desembolso de recursos.

O projeto retoma para os ministérios a competência de formular políticas públicas, de outorgar e conceder autorização para a exploração de serviços públicos, reservando para as agências o papel de regulamentar e fiscalizar o respectivo setor. Elas continuarão, porém, a cuidar dos processos licitatórios.

Entre outras mudanças, a proposta uniformiza o mandato dos membros dos conselhos diretores e instala um modelo colegiado de deliberações. Além disso, elimina a possibilidade de recondução dos presidentes das agências para uma nova gestão. Segundo o projeto, o processo de indicação e escolha dos diretores desses órgãos também passará a ser uniforme.