Sem candidatura própria à Presidência, o Partido Verde decidiu que também não apoiará nenhum candidato de outro partido. Apesar de representantes do PV ocuparem cargos na administração federal, como o ministro da Cultura, Gilberto Gil, o partido está rompido, oficialmente, com o governo Lula desde o início de 2005. Em 2002, a legenda havia apoiado a candidatura petista.

Agora, o partido decidiu apresentar a todos os candidatos um documento com seis temas que considera essenciais em qualquer programa de governo: saneamento básico, inclusão digital, fim da propaganda política de governo, ocupação parcimoniosa dos cargos em comissão, combate á corrupção e realização de licitações pela internet. A redação final do texto ficou sob a responsabilidade do deputado Fernando Gabeira (RJ).

O PV é aliado histórico do PT. Na eleição presidencial de 1989, o então candidato verde Fernando Gabeira apoiou Lula no segundo turno, assim como em 1994. Nas eleições de 1998, o PV lançou Alfredo Sirkis como candidato ao Planalto.