O ex-líder dos governos FHC, Lula e Dilma figura como investigado em três inquéritos (2116, 2963 e 3297) por crimes de responsabilidade, falsidade ideológica, contra o patrimônio e eleitorais. Um dos procedimentos apura o seu envolvimento  em desvio de verbas federais em obras em Roraima. Também é investigado sobre a origem e o destino dos R$ 100 mil jogados para fora de um carro por um auxiliar do senador momentos antes de ser abordado por policiais durante a campanha eleitoral de 2010. O auxiliar diz que o dinheiro seria usado na eleição de Jucá. Outro inquérito verifica se Jucá e familiares usaram “laranja” na compra de uma TV em Boa Vista.