Um levantamento feito pelo jornal O Globo calculou a quantidade de pedidos de desfiliação de políticos de cada partido durante o ano eleitoral, e apontou para o PDT e PSDB como recordistas na perda de quadros ativos. Das 74 desfiliações, o partido de Ciro Gomes acumulou 52, e 11 abandonaram o ninho dos tucanos. Na sequência estão o Novo e o PSB, cada um com duas saídas, e outros sete tiveram uma desfiliação cada: PT, Podemos, PP, União, PSD, Republicanos e MDB.

No caso do PDT, o principal motivo apontado foi a postura do partido nas eleições presidenciais. Temendo a perda de espaço dentro da esquerda para o PT, a legenda lançou a candidatura de Ciro Gomes na esperança de formar uma terceira via entre Lula e Jair Bolsonaro. Para muitos quadros, essa decisão foi vista não apenas como arriscada, como atrapalhou parte das disputas estaduais, onde candidatos pedetistas enfrentaram dificuldade para articular apoio de outros quadros da esquerda.

No PSDB, os problemas já se apresentaram no segundo turno das eleições. Após a derrota de Simone Tebet (MDB-MS), candidata apoiada pelo partido, a executiva nacional decidiu liberar os diretórios para que apoiassem o candidato mais compatível com os filiados de cada estado. Isso trouxe problemas principalmente em São Paulo, onde parte das lideranças tucanas não concordaram com a decisão da sigla de apoiar a campanha de Bolsonaro.

Foi o caso de figuras importantes do PSDB paulista, como o ex-governador João Doria, o advogado Gustavo Covas (irmão do falecido prefeito Bruno Covas) e do deputado Alexandre Frota, ex-bolsonarista que abraçou a campanha de Lula, chegou a ser convidado para participar do gabinete de transição, desta vez como membro do Pros.

No Novo, o apoio partidário a Bolsonaro também foi motivo para a saída de seu co-fundador, João Amoêdo. Apesar de oficialmente neutro, o partido rechaçou a declaração de Amoêdo de que votaria em Lula, poucos dias antes de um de seus quadros, o deputado gaúcho Marcel van Hattem, elaborar um pedido de CPI para investigar o Supremo Tribunal Federal (STF), visando retaliar as condenações contra aliados de Bolsonaro.

O partido, que já contava com uma bancada pequena na Câmara dos Deputados, corre o risco de encolher ainda mais. Sem alcançar a cláusula de barreira nas eleições, perdeu para o Republicanos o vereador paulista Fernando Holiday, com melhor estrutura para uma eventual campanha de reeleição em 2024. Por não ter alcançado a cláusula de barreira, a sigla perde o horário de televisão, tornando desvantajosa a permanência de candidatos fisiológicos.