O deputado é alvo do Inquérito 3317 por crime previsto na Lei de Improbidade. Em 19 de agosto, o ministro Luiz Fux, do STF, determinou o arquivamento do Inquérito 3873, em que Danilo era investigado por crimes contra a Lei de Licitações e peculato. Ao longo das investigações, a PGR concluiu não haver indícios de que o deputado cometeu crime na celebração e execução de convênios, quando o deputado era diretor-executivo da Fundação Nacional de Saúde (Funasa), em 2004.
Veja a nota enviada pela assessoria do deputado:
“Em resposta ao questionamento sobre o inquérito 3317 em tramitação no Supremo Tribunal Federal, informo que o referido inquérito se encontra em fase inicial de investigação, não tendo sido recebida sequer a denúncia pelo Poder Judiciário. A minha suposta ligação com os fatos ali investigados remonta aos anos de 2005 a 2007, quando assumi cargos de direção, inclusive a Presidência, da Fundação Nacional de Saúde – FUNASA. Destaco que até o presente momento não consta dos autos nenhum indício de prova de minha ligação às supostas irregularidades ali investigadas. Ressalto que promovi auditorias internas na referida autarquia, quando ainda exercia sua Presidência, que resolveu pelo afastamento do responsável do fato em apuração. A minha conduta a frente do órgão que orgulhosamente presidi demonstra o meu total compromisso com a moralidade e transparência com a coisa pública, que já foi – inclusive – reconhecido pelo Ministério Público Federal e pela Controladoria Geral da União em menção de elogio à minha gestão na FUNASA quando na oportunidade alcançamos o objetivo de garantir a execução de serviço público com redução de gastos e despesas. Tenho plena confiança que o referido Inquérito 3317 que me encontro na condição de indiciado será arquivado assim como o Inquérito 3873, que também me encontrava indiciado e que também se referia a minha gestão na FUNASA, e que foi arquivado em 19 de agosto de 2015 por sentença do ministro Luiz Fux que “atendendo solicitação da Procuradoria-Geral da República (PGR) DECIDIU PELO ARQUIVAMENTO, uma vez que não foi imputado de forma fundamentada contra mim a prática de qualquer ato ilícito”.
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