Além de escolher o novo presidente da Câmara, os deputados também votaram para formar a Mesa Diretora para os próximos dois anos. O resultado foi divulgado logo após a confirmação de Eduardo Cunha (PMDB-RJ) na principal cadeira da Casa. Por conta de acordos entre os partidos, o PT acabou ficando de fora da composição. O PMDB também cedeu seu espaço em troca de apoio partidário. Das 11 posições, Veja como ficou:
Presidência: Eduardo Cunha (PMDB-RJ) – 267 votos
1ª Vice-Presidência: Waldir Maranhão (PP-MA) – 428 votos
2ª Vice-Presidência: Giacobo (PR-PR) – 322 votos
1ª Secretaria: Beto Mansur (PRB-SP) – 436 votos
2ª Secretaria: Felipe Bornier (PSD-RJ) – 437 votos
3ª Secretaria: Mara Gabrilli (PSDB-SP) – 456 votos
4ª secretaria: Alex Canziani (PTB-PR) – 457 votos
1ª suplência: Mandetta (DEM-MS) – 424 votos
2ª suplência: Gilberto Nascimento (PSC-SP) – 382 votos
3ª suplência: Luiza Erundina (PSB-SP) – 372 votos
4ª suplência: Ricardo Izar (PSD-SP) – 187 votos