A investigação por crimes como corrupção passiva e lavagem de dinheiro envolverá Cunha, sua esposa, a jornalista Claudia Cruz, e sua filha, Danielle Cunha, que seria dependente de uma das contas do deputado no exterior. A investigação se dará no âmbito da Operação Lava Jato, a partir da suspeita de que recursos desviados da estatal tenham abastecido as contas da família em um banco suíço. O presidente da Câmara alegou que não vê a acusação como um problema, mas como uma oportunidade para se defender.
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Em agosto Rodrigo Janot já havia apresentado ao STF uma denúncia contra Eduardo Cunha, baseada no depoimento do empresário Fernando Soares, conhecido como Fernando Baiano, investigado na Operação Lava Jato como operador do PMDB na execução das fraudes na estatal. Em delação premiada autorizada pelo Ministério Público, Baiano confirmou que Eduardo Cunha recebeu propina de US$ 5 milhões por meio de dinheiro desviado da Petrobras, em fraude a contratos para construção de navios-sonda.
O procurador-geral da República acrescentou ao caso as informações recebidas pelo Ministério Público da Suíça que revelam que Cunha movimentou dezenas de milhões de dólares no país europeu sem qualquer comunicação à Receita Federal, em caso investigado como lavagem de dinheiro e evasão de divisas, entre outros crimes. De acordo com o documento, as contas secretas atribuídas a Cunha e a sua mulher foram alimentadas com dinheiro de propina paga para viabilizar um negócio com a Petrobras na África em 2011.