Embora não haja denúncia formal contra ele, o presidente do Senado teve o nome citado na Operação Lava Jato, da Polícia Federal, que investiga irregularidades na Petrobras, de acordo com reportagens da revista Veja e do jornal O Estado de S.Paulo. O peemedebista nega qualquer envolvimento com as denúncias. Esta foi a menor votação recebida por Renan nas quatro vezes em que se elegeu presidente. O pior desempenho dele tinha sido em 2013, quando teve 56 votos e derrotou Pedro Taques (PDT-MT).
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O procurador-geral da República, Rodrigo Janot, prepara o pedido ao Supremo Tribunal Federal (STF) de inquéritos contra parlamentares suspeitos de envolvimento com o esquema desbaratado pela Lava Jato.
Em seu primeiro discurso após a reeleição, Renan defendeu a unidade de seu partido após a dissidência de Luiz Henrique. “O PMDB garante a estabilidade política e também trabalhará pela estabilidade econômica”, discursou. O presidente reeleito, que também responderá pelo comando do Congresso, elogiou Luiz Henrique e disse que a disputa entre os dois “já é passado”. “Serei o presidente de todos os senadores”, declarou. “Aqui todos podem mais por serem todos iguais”, acrescentou.
Apoiado pela oposição, Luiz Henrique se lançou candidato com um discurso de independência e apostava na chegada de 22 novos senadores que não participaram da legislatura passada. Mas sua votação ficou aquém do esperavam seus aliados, que apostavam numa reviravolta.
Em 2007, em sua segunda gestão, Renan teve de renunciar à presidência do Senado após ser alvo de uma série de denúncias. Entre elas, a de que o lobista Cláudio Gontijo, da empreiteira Mendes Júnior, pagava R$ 16,5 mil mensais à jornalista Mônica Veloso, com quem o senador tem uma filha. Como mostrou a revista Veja, entre 2004 e 2006 a empreiteira recebeu R$ 13,2 milhões em emendas parlamentares de Renan destinadas a uma obra – feita pela empresa – no porto de Maceió. Na ocasião, Renan escapou duas vezes da cassação em votação secreta no plenário. A maioria dos senadores contrariou a recomendação do Conselho de Ética, que sugeria a perda do mandato (veja as denúncias contra Renan à época).