A denúncia contra a nova secretária foi feita em novembro de 2012 pelo então procurador-geral da República, Roberto Gurgel. O documento requereu a instauração de inquérito em razão de indícios de suposta prática de crimes cometidos pela então deputada federal. Segundo a denúncia, Pelaes foi autora de emenda parlamentar no valor de R$ 4 milhões para projeto de capacitação para o turismo no Amapá. O recurso, porém, foi encaminhado a uma instituição fantasma.
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Depoimentos que constam no relatório da Procuradoria-Geral República apontam que Fátima Pelaes teria ficado com parte do dinheiro das emendas. A investigação está em andamento e foi devolvida à Justiça Federal do Amapá no ano passado depois que Pelaes deixou de ser deputada. Por meio da assessoria, Fátima informou: “Eu confio no trabalho da polícia e da justiça e estou tranquila de que tudo será esclarecido”.
O anúncio do nome de Fátima Pelaes para a secretaria provocou repercussão na imprensa por ela ter se manifestado contra a descriminalização do aborto quando exercia o mandato na Câmara dos Deputados. Fátima divulgou nota afirmando que seu posicionamento não vai afetar o debate de qualquer questão durante sua gestão na secretaria, e destacou que a mulher vítima de estupro que optar pela interrupção da gravidez deve ter total apoio do Estado.