Uma das modificações aprovadas abre a possibilidade de prorrogação dos contratos de arrendamento feitos após 1993, por uma única vez e pelo mesmo prazo do contrato inicial, desde que sejam feitos investimentos para modernizar as instalações portuárias. A renovação é facultativa. No texto original, não havia a previsão do período. A possibilidade de prorrogação consta de emenda do deputado Sibá Machado (PT-AC), que foi aprovada pelo Plenário.
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Segundo o governo, as mudanças feitas abrem caminho para realizar investimentos de mais de R$ 54 bilhões, com a oferta de 159 áreas em portos públicos ao setor privado. Também prevê a possibilidade de terminais privados receberem cargas de outras empresas, não apenas da dona do porto. Outra mudança é o horário de funcionamento das unidades, que hoje é restrito ao horário comercial. Com a aprovação, passa a ser de 24 horas.
Outra mudança na MP dos Portos feita pelos deputados dá responsabilidade à guarda portuária pela segurança dos portos públicos. Pela proposta original, essa função caberia à administração dos portos organizados. A MP permite que os portos privados operem livremente, aumentando a concorrência com os portos públicos.A Câmara ainda aprovou emenda que permite a aprovação de pedidos de autorização de instalações portuárias protocolados junto à Agência Nacional de Transportes Aquaviários (Antaq) durante o mês de dezembro de 2012. Inicialmente, o prazo limite era o dia 6 de dezembro de 2012.
O texto aprovado inclui o terminal indústria entre as instalações que serão exploradas por meio de autorização. Esse terminal, fora do porto organizado, servirá para a movimentação exclusiva de cargas da empresa; para a integração com áreas industriais ou de estoque de grãos ou minerais; ou para a movimentação de granéis sólidos e líquidos, insumos e produtos intermediários para esses setores de produção.