Enquanto as denúncias na primeira instância ficam a cargo do Ministério Público Federal, para quem tem foro privilegiado essa função cabe a Procuradoria Geral da República. A PGR já apresentou 14 denúncias ao STF, envolvendo 45 pessoas. Até o momento, apenas três foram acolhidas pela corte: duas contra o ex-presidente da Câmara Eduardo Cunha (PMDB-RJ) e uma contra o deputado Nelson Meurer (PP-PR).
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Em agosto de 2014, o ex-diretor da Petrobras Paulo Roberto Costa disse em depoimento à PGR que políticos também estariam envolvidos no esquema. Em dezembro o doleiro Alberto Yousseff fechou acordo de delação premiada. Em março de 2015 o procurador-geral da República, Rodrigo Janot, encaminhou ao relator da Lava Jato no STF, ministro Teori Zavascki, a primeira lista de nomes que deveriam ser investigados. O episódio ficou conhecido como “a lista de Janot”. Ao todo, foram 28 pedidos de abertura de inquérito e sete pedidos de arquivamento.
A Lava Jato como um todo já gerou 81 inquéritos que investigam 364 pessoas – com foro ou não – sendo 54 parlamentares, ministros do Tribunal de Contas da União e a ex-presidente Dilma Rousseff.
A assessoria do ministro Teori Zavascki explica que a diferença do compasso entre o Supremo e os casos julgados pela primeira instância se deve ao fato de que o STF “ser instância única, com reduzidas possibilidades de recursos”, além de ser “mais complexo e regido por legislação específica”.
“Além disso, os feitos criminais são analisados, obrigatoriamente, por um ministro relator e um ministro revisor e precisam ser julgados em sessão por órgão colegiado e não individualmente como numa vara criminal”, acrescenta a assessoria de Teori.