Marconi foi eleito pela primeira vez governador em 1998, vencendo Íris pela primeira vez. Quatro anos depois, reelegeu-se ao disputar o cargo contra Maguito Vilela (PMDB). Em 2006, renunciou ao mandato para disputar o Senado. Cumpriu apenas metade dos oito anos, voltando ao Palácio das Esmeraldas em 2010.
Em 2012, teve o momento mais tumultuado do seu governo. Viu seu nome ser ligado ao bicheiro Carlos Augusto Ramos, o Carlinhos Cachoeira. Chegou a ser investigado pela CPMI do Cachoeira no Congresso Nacional. No entanto, o relatório final não pediu seu indiciamento e de outras pessoas suspeitas de envolvimento com o contraventor.
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