O único veto foi uma alteração elaborada pela Câmara e depois mantida pelo Senado prevendo que isenções tributárias do governo federal vão incidir apenas na cota da União, sem afetar a distribuição do FPE e do Fundo de Participação dos Municípios (FPM). Na justificativa, Dilma diz que o dispositivo viola três artigos da Constituição Federal e contraria o interesse público por limitar o “escopo de política econômica característico das desonerações”.
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Ficou mantido que o prazo de transição das regras até 2015. As mudanças propostas para os critérios de repasse só começarão a valer a partir de 2016. Houve também uma correção do volume de recursos destinados para o FPE. Os critérios só serão aplicados sobre o valor corrigido pelo Índice Nacional de Preços ao Consumidor Amplo (IPCA) e por 75% da variação do Produto Interno Bruto (PIB) registrado no ano anterior, e não mais 50%, como havia sido estabelecido no texto anterior.
Em fevereiro de 2010, o STF considerou inconstitucional a manutenção dos critérios para o rateio dos estados. Na oportunidade, deu até dezembro de 2012 para o Congresso aprovar um novo modelo. No entanto, os parlamentares não conseguiram elaborar uma proposta. Em janeiro, governadores de quatro estados acionaram novamente a corte para estender o prazo. Presidente em exercício do Supremo, Ricardo Lewandowski concedeu mais cinco meses a deputados e senadores.