Presidente nacional do PP, o senador responde ao Inquérito 3989, da Operação Lava Jato, pelos crimes de lavagem de dinheiro, formação de quadrilha e corrupção passiva. O ex-diretor da Petrobras Paulo Roberto Costa citou Ciro como responsável pela indicação da distribuição dos repasses a políticos do PP após a morte do ex-deputado José Janene. O senador ainda responde ao Inquérito 3910 por lavagem de dinheiro, formação de quadrilha e tráfico de influência. Nesse caso, Ciro e sua esposa, a deputada Iracema Portella (PP-PI), são suspeitos de usar notas frias no aluguel de veículos de uma locadora pertencente a um deputado estadual, de quem o casal é amigo. O senador afirma que “confia no trabalho da Justiça e que a verdade prevalecerá após a conclusão das investigações”.