Em 2001, Jader renunciou ao mandato de senador após ser acusado de desviar recursos do Banco do Estado do Pará (Banpará), da Sudam e do Ministério da Reforma Agrária. Chegou a ser preso por 16 horas pela PF sob a suspeita de integrar quadrilha acusada de desviar mais de R$ 1 bilhão desses órgãos. Por isso, desde 2004 foi réu na Ação Penal 374 por emprego irregular de verbas públicas. Complementaram a investigação as ações penais 398, 397, 498 e 653 por peculato e crimes contra o sistema financeiro. Todos esses casos foram arquivados por prescrição depois que ele completou 70 anos de idade. Jader ainda é alvo do Inquérito 3597 por crimes eleitorais. No fim do ano passado, Jader entrou na mira da Operação Lava Jato. O ex-diretor da área Internacional da Petrobras Nestor Cerveró – preso desde janeiro de 2015 – afirmou em delação premiada que pagou propina de US$ 6 milhões aos senadores Renan Calheiros (AL) e Jader Barbalho (PA), ambos do PMDB, em 2006. A suspeita resultou na abertura de um inquérito contra o ex-governador paraense.
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